Сразу после этого он вступил в должность главного тренера ФК «Краснодар».
Мусаев работает в системе «Краснодара» с 2005 года.
Весной 2018 года он стал исполняющим обязанности главного тренера клуба, а затем из-за отсутствия лицензии Pro стал старшим тренером.