50-летний специалист будет руководить командой до конца сезона.
На этом посту Фернандес сменил Пабло Мачина, возглавлявшего клуб из Витории с августа прошлого года.
Ранее Фернандес тренировал «Алавес» с декабря 2017 года по май 2019-го.
В турнирной таблице Примеры «Алавес» занимает 16-е место с 18 набранными очками в 18 турах.