Из состава лиги были исключены «Оренбург», «Крылья Советов» и «Енисей», завоевавшие по итогам сезона право сыграть в Премьер-лиге, а также не получившая лицензию на следующий сезон «Кубань» и отказавшийся от участия в первенстве «Волгарь».
В свою очередь, «Анжи», «СКА-Хабаровск», «Мордовия», «Чертаново» и «Армавир» были официально приняты в состав ФНЛ.
Таким образом, в первенстве ФНЛ сезона 2018/2019 должны принять участие следующие команды: «Авангард» (Курск), «Анжи» (Махачкала), «Армавир» (Армавир), «Балтика» (Калининград), «Динамо СПб» (Санкт-Петербург«), "Зенит-2" (Санкт-Петербург), "Луч-Энергия" (Владивосток), "Мордовия" (Саранск), "Олимпиец" (Нижний Новгород), "Ротор-Волгоград" (Волгоград), "Сибирь" (Новосибирск), "СКА-Хабаровск" (Хабаровск), "Спартак-2" (Москва), "Тамбов" (Тамбов), "Томь" (Томск), "Тюмень" (Тюмень), "Факел" (Воронеж), "Химки" ( Химки), "Чертаново" (Москва), "Шинник" (Ярославль).
Также был одобрен проект календаря предстоящего первенства. Первый тур запланирован на 17 июля. До ухода на зимний перерыв команды проведут 24 тура, последний из которых намечен на 24 ноября. В 2019 году турнир возобновится 3 марта, а заключительный 38-й тур в принятом проекте намечен на 25 мая.
