Эффенберг возглавил «Падерборн» 13 октября, подписав контракт до лета 2017 года. Под руководством 47-летнего специалста клуб стартовал с двух побед, после чего не смог выиграть в 12 встречах подряд, в результате чего опустился на предпоследнее 17-е место.
«Падерборн» был первым клубом в тренерской карьере Эффенберга.
Новым главным тренером «Падербрна» стал Рене Мюллер, до последнего времени работавший с «молодежкой».