Аргентинский специалист возглавил испанский клуб летом 2016 года и занял с ним девятое место в Примере.
Накануне «Алавес» проиграл «Барселоне» в финальном матче Кубка Испании.
«Я был счастлив здесь как тренер и хотел бы поблагодарить всех в клубе за помощь. Убежден, что команда продолжит выполнять свои задачи», — заявил аргентинец.
Пеллегрино известен по работе с «Валенсией», а также аргентинскими «Эстудиантесом» и «Индепендьенте».