В соответствии с регламентом Кубка России, с 1/32 финала в турнире стартует 17 клубов ФНЛ («Зенит-2», «Краснодар-2» и «Спартак-2» не играют, поскольку клуб может быть представлен только одной командой).
Матчи 1/32 финала намечены на 22 августа. Хозяева полей указаны первыми.
1/32 финала
22 августа (среда)
Группа 1
«Квант»/«Знамя Труда» — «Балтика»
«Луки-Энергия»/«Звезда» СПб — «Чертаново»
Группа 2
«Рязань»/«Торпедо» М — «Шинник»
«Текстильщик»/«Зоркий» — «Химки»
Группа 3
«Динамо» Бр/«Металлур»г Лп — «Авангард»
«Днепр»/«Калуга» — «Тамбов»
Группа 4
/-» — «Факел»
«Лада»/«Сызрань-2003» — «Ротор»
Группа 5
«Дружба»/«Черноморец» — «Сочи»
«Спартак» Вк/«Чайка» — «Армавир»
Группа 6
«Волга» Ул/«Челябинск» — «Нижний Новгород»
«Зенит» Иж/«Нефтехимик» — «Мордовия»
Группа 7
«Тюмень» — «Сибирь»
«Динамо-Барнаул» — «Томь»
Группа 8
«Благовещенск»/«Сахалин» — «Зенит» Ирк
«Луч» — «СКА-Хабаровск»
В 1/16 финала Кубка России победители упомянутых выше пар встретятся с клубами РПЛ.