Специалист возглавил «армейцев» в декабре 2016 года. Под его руководством команда два раза подряд заняла второе место в чемпионате России и дошла до 1/4 финала Лиги Европы.
В 56 матчах с Гончаренко «красно-синие» одержали 32 победы, еще 11 встреч завершились вничью. Белорусский специалист является одним из лучших тренеров в истории клуба по проценту побед — 57,14%.