Соглашение «горожан» с 30-летним футболистом рассчитано на три года.
Права на футболиста принадлежали «Локомотиву», который согласился досрочно прервать действие контракта.
Прошлый сезон Шишкин начинал в «Локомотиве», а в январе этого года перебрался на правах аренды в «Краснодар» и провел за «быков» шесть матчей в российской Премьер-лиге.
Защитник участвовал в прошедшем Кубке Конфедераций, отыграв на турнире 46 минут.
Ранее «Краснодар» пополнил состав другим экс-игроком «Локомотива».