Митрофанов назначен на должность советника председателя правления футбольного клуба «Зенит» по стадиону и спортивной инфраструктуре.
С 1 января 2007 года Митрофанов работал генеральным директором клуба, но накануне его сменил Сергей Фурсенко.
Также «Зенит» объявил о возвращении на должность спортивного директора Константина Сарсании.