На голы Ильи Кубышкина (3-я и 41-я минуты) и Павла Назимова (53) хозяева ответили точным ударом Ирвина Кардоны (88).
«Зенит» набрал 10 очков и вне зависимости от исхода встречи «Бенфики» и «Байера» вышел в следующую стадию соревнований.
Полный список участников плей-офф станет известен в среду, жеребьевка состоится 15 декабря.